随着新一代测序技术的发展，微生物组学作为一个相对年轻的学科获得越来越大的发展，微生物组对于人类及动物健康的影响被逐渐揭示。而这些新的知识和技术向猪上的转化也显得有巨大潜力。
在商业养猪环境中，为了避免外来病原引入猪群，通常猪场需要采取严格的生物安全措施。在猪场内部，为了抑制内部流行病的传播，也需要设置大量生物安全措施。新引入猪只的隔离、人员活动限制、洗手、清理靴子、全进全出、高强度的消杀的确保证了病原的最低传播。但是这些措施也减少了一些有益微生物组对于猪免疫系统发育的支持作用，使使猪群变得免疫幼稚。
如果为了提高猪的免疫能力，而将猪群向外部微生物广泛暴露显然有一些益处，但风险远大于收益。感染引发的免疫反应，特别是炎症反应，从能量和代谢的角度都很昂贵，都会导致生产效率的下降。所以商业猪场只能竭尽全力，避免猪群与外部微生物的接触。
这种情况下猪的微生物组应该从哪里来？通常答案是与别的猪接触或来自于日粮。因此通过日粮和饮水来塑造猪的微生物组群就变得很重要。
